Exocortex Bootstrap

1. Contexte et objectif

Ce guide documente :

• Pourquoi on a versé les skills dans le repo Exocortex (avant, ils étaient hors versioning)
• Comment le script setup.sh automatise le bootstrap sur une nouvelle machine
• Quels composants sont automatisés, lesquels restent manuels, et pourquoi
• Les avantages et les limites de cette approche

2. Anatomie de l’Exocortex

L’Exocortex est composé de quatre couches distinctes, installées à des emplacements différents sur la machine :

3. Ce qui a été fait et pourquoi

3.1 Versioning des skills dans le repo Exocortex

Avant cette mise à jour, les 16 skills Gigarun n’étaient présents que dans ~/.claude/skills/ sur la machine principale. Ils n’étaient pas dans le repo Git de l’Exocortex.

Conséquence : cloner le repo sur une autre machine ne suffisait pas. Les skills (audit, commercial, DSI, compta, devops, handoff, lab-test, etc.) étaient absents.

Décision : copier ~/.claude/skills/ dans Exocortex/skills/ et les versionner. Tous les fichiers skills ont été vérifiés pour l’absence de données sensibles (clés API, mots de passe) avant commit. Un seul faux positif détecté : un placeholder sk-... dans la doc n8n, sans valeur réelle.

3.2 Installation des agents pentest (pentest-ai-agents)

Le repo 0xSteph/pentest-ai-agents fournit 31 sous-agents Claude Code spécialisés en sécurité offensive. Ils sont installés dans ~/.claude/agents/ via un script.

Pourquoi ce repo plutôt que d’autres :

• Zéro dépendance externe : juste des fichiers .md avec frontmatter YAML
• Compatible Ollama via conversion OpenCode (./opencode-setup.sh --full)
• MIT, actif depuis mars 2026, déjà en v3.1.0
• Complémentaire à Strix (pentest applicatif autonome) — les deux ne se recoupent pas
• Script install.sh audité : ne fait que copier des fichiers, aucune exécution réseau, idempotent

Les agents sont clonables depuis GitHub et ne sont pas versionnés dans l’Exocortex lui-même — le script setup.sh les télécharge automatiquement.

3.3 Création du script setup.sh

Le script Exocortex/setup.sh automatise l’intégralité du bootstrap en 6 étapes :

1. Vérification des prérequis : git, Claude Code CLI
2. Installation des skills depuis Exocortex/skills/ vers ~/.claude/skills/ (diff par répertoire, mise à jour uniquement si modifié)
3. Installation des agents pentest : clone du repo pentest-ai-agents + install.sh --global
4. Installation du hook auto-debug-log.py vers ~/.claude/hooks/
5. Vérification du settings.json (création minimale si absent)
6. Vérification de CLAUDE.md et de la mémoire persistante, avec avertissements ciblés si manquants

4. Structure du repo Exocortex après mise à jour

Ce qui n’est pas dans le repo (et pourquoi)

5. Procédure de réinstallation complète

Suivez ces étapes dans l’ordre sur la nouvelle machine Windows.

Étape 1 — Prérequis

Étape 2 — Cloner l’Exocortex

Étape 3 — Copier CLAUDE.md à la racine de votre profil

Étape 4 — Lancer le bootstrap

Sortie attendue :

Étape 5 — Restaurer les éléments non automatisés

Depuis l’ancienne machine (ou OneDrive si synchronisé) :

1. settings.local.json — copier dans ~/.claude/settings.local.json. Contient les hooks PreToolUse (protection dossiers critiques), le hook Stop (rappel handoff), les permissions avancées et les clés API nécessaires.
2. Mémoire — copier ~/.claude/projects/C--Users-[nom]/memory/ depuis l’ancienne machine. Contient les 30+ fichiers de mémoire accumulés (feedbacks, références, projets).
3. ANTHROPIC_API_KEY — configurer la variable d’environnement dans le système Windows.
4. Projets code/technique — installer OneDrive et attendre la synchronisation de OneDrive - gigarun\PROJETS\. C’est l’emplacement canonique de tous les projets (rgpd-scanner, systemrescue-diag, vetilog, etc.). L’ancien C:\Users\thoca\projets\ est obsolète.

Étape 6 — Lancer Claude Code et vérifier

6. Le script setup.sh en détail

Le script est versionné dans Exocortex/setup.sh. Il est idempotent : on peut le relancer autant de fois qu’on veut sans risque. Il ne modifie que ce qui est absent ou obsolète.

Logique de mise à jour des skills

Pour chaque skill du repo, le script compare le répertoire source avec la destination via diff -rq. Il écrase uniquement si une différence existe. Cela permet de pousser une mise à jour d’un skill sur toutes les machines via un simple git pull + bash setup.sh.

Logique d’installation des agents pentest

Le script vérifie si ~/.claude/agents/ contient déjà des fichiers .md. Si oui, il considère les agents comme installés et saute cette étape. Si non, il clone pentest-ai-agents dans C:/tools/pentest-ai-agents et lance install.sh --global.

Composants installés par le script

7. Avantages et inconvénients de ce paramétrage

Source unique pour les skills : la junction Windows

Conséquence pratique : quand Claude Code crée ou modifie un skill, il écrit directement dans Exocortex/skills/. Il suffit ensuite de committer dans le repo pour propager la mise à jour sur toutes les machines.

La junction est créée automatiquement par setup.sh sur chaque nouvelle machine. Sur Linux/Mac (lors d’une utilisation éventuelle), le script crée un symlink classique via ln -s à la place.

8. Après le bootstrap : ce qu’il reste à faire

Le setup.sh installe le “squelette fonctionnel”. Pour avoir l’Exocortex à l’identique de la machine source, il reste quatre opérations manuelles :

1. Restaurer settings.local.json

Ce fichier contient :

• Les hooks PreToolUse : protection contre les suppressions dans les dossiers critiques (Exocortex, Clients, OneDrive)
• Le hook Stop : rappel handoff en fin de session + analyse automatique de la session
• Les permissions avancées (allow) pour les commandes courantes (SSH, ADB, PowerShell, etc.)
• Des références à des clés API (Mailjet, Brevo) utilisées dans les checks de connectivité

Copier depuis l’ancienne machine vers ~/.claude/settings.local.json.

2. Restaurer la mémoire persistante

La mémoire se trouve dans ~/.claude/projects/C--Users-[nom]/memory/. Elle contient une quarantaine de fichiers .md structurés en quatre types :

• feedback_*.md : corrections apprises, comportements à éviter ou à conserver
• project_*.md : état des projets en cours (Vetilog, Intense Piscine, etc.)
• reference_*.md : références techniques (serveurs, accès, SMTP, etc.)
• user_*.md : profil de l’utilisateur appris par le copilote

Sans cette mémoire, le copilote repart de zéro et ne connaît plus les préférences, les projets en cours ni les références techniques accumulées.

3. Installer OneDrive et récupérer les projets

Tous les projets code et technique sont stockés dans C:\Users\thoca\OneDrive - gigarun\PROJETS\. Installer OneDrive, s’authentifier avec le compte gigarun, et attendre la synchronisation. Les projets (rgpd-scanner, systemrescue-diag, vetilog, intense-piscine…) seront disponibles sans action supplémentaire. L’ancien dossier C:\Users\thoca\projets\ est obsolète — ne pas l’utiliser.

4. Configurer ANTHROPIC_API_KEY

Claude Code a besoin de la clé API Anthropic pour fonctionner. La configurer dans les variables d’environnement système Windows (Système → Paramètres avancés → Variables d’environnement) ou dans le profil Git Bash.

9. Maintenir l’Exocortex à jour

Mettre à jour les skills sur toutes les machines

1. Modifier ou créer le skill via Claude Code (il écrit dans Exocortex/skills/ via la junction)
2. Committer et pusher : cd ~/Exocortex && git add skills/ && git commit -m "update skill [nom]" && git push
3. Sur les autres machines : git pull — la junction lit déjà le bon dossier, aucun setup.sh requis

Mettre à jour les agents pentest

Ajouter un nouveau skill au repo

1. Créer le skill via /skill-creator dans Claude Code (il écrit dans ~/.claude/skills/)
2. cp -r ~/.claude/skills/[nouveau-skill] ~/Exocortex/skills/
3. Committer dans le repo Exocortex
4. Le skill sera déployé sur les autres machines au prochain git pull + setup.sh